โดยปกติแล้วกระต่ายหัวเอียงเกิดได้จาก 2 สาเหตุหลักคือ การติดเชื้อในหูชั้นกลาง หรือ หูชั้นใน และ อีกสาเหตุหนึ่งที่พบได้บ่อยๆคือการติดเชื้อ โปรโตซัวในสมอง ที่มีชื่อว่า E.Cuniculi ซึ่งโปรโตซัวชนิดนี้ จะทำอันตราย ไต สมอง และเลนส์ตา ขึ้นกับระยะการติดเชื้อ แต่เมื่อเชื้อเดินทางเข้าสู่สมองและมีการทำลายเนื้อเยื่อเยื่อสมอง ทำให้ กระต่ายแสดงอาการทางระบบประสาท เช่น ตากระตุก, หัวส่าย และ หัวเอียง การป้องกันสามารถทำได้โดยการกินยาป้องกัน โปรโตซัว ซึ่งสามารถป้องกันได้ก่อนเกิด อาการ และหากเกิดอาการ ขึ้นแล้ว ต้องรีบพบสัตวแพทย์ เพื่อทำการวินิจฉัย และรักษา ซึ่งการรักษา จะขึ้นกับอาการและสาเหตุ ในแต่ละตัว