ชูก้าไกเดอร์มีต่อมก้นที่เรียกว่า Paracloacal gland ซึ่งคล้ายกับ Anal gland ในสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมอื่นๆ ต่อมนี้จะเจริญได้ดีในชูก้าไกเดอร์ตัวผู้ มีหน้าที่สร้างฟีโรโมนสำหรับบ่งบอกอาณาเขต แสดงความเป็นเจ้าของ หรือส่งสัญญาณให้ตัวเมียสนใจ

ต่อมก้นของชูก้าไกเดอร์เกิดการอักเสบหรือติดเชื้อได้ โดยชูก้าไกเดอร์จะแสดงอาการต่อมก้นบวม ก้มลงเลียที่ต่อมก้นบ่อยๆ มีสารคัดหลั่งข้นออกมาจากต่อมก้น อาจพบเป็นสีขาวขุ่น สีครีม สีเหลือง หรือสีคล้ำ คุณหมอจะทำการเก็บตัวอย่างสารคัดหลั่งไปเพาะเชื้อแบคทีเรียเพื่อเลือกใช้ยาฆ่าเชื้อที่ตรงกับเชื้อ หากอาการรุนแรง อาจต้องทำการผ่าตัดเพื่อตัดต่อมก้นออก

ชูก้าไกเดอร์อ้วน มีโอกาสเป็นโรคนี้มากกว่าชูก้าไกเดอร์ปกติ เพราะ ก้มลงเพื่อทำความสะอาดบริเวณต่อมก้นได้ไม่ดี ทำให้มีการหมักหมมของสารคัดหลั่ง วิธีการป้องกันไม่ให้เกิดโรคนี้นอกจากการลดความอ้วนแล้ว ผู้เลี้ยงควรดูแลเรื่องความสะอาดและหมั่นสังเกตอาการชูก้าไกเดอร์อย่างสม่ำเสมอ